Управление лицеем осуществляется в соответствии с нормативными правовыми актами Российской Федерации, города Калининграда и Уставом МАОУ лицея № 18. Управление осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом Лицея является директор.
В лицее формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся:
- Общее собрание работников
- Наблюдательный совет
- Педагогический совет
В целях учета мнения учащихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних учащихся и педагогических работников по вопросам управления Лицеем и при принятии Лицеем локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе учащихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних учащихся и работников в Лицее:
- созданы представительные органы учащихся и родителей (законных представителей) несовершеннолетних учащихся - совет учащихся, совет родителей;
- действует профсоюзный комитет.